Türkiye’de gemi inşaatı eğitiminin başlangıcı, İTÜ tarihi ile de bağlantılı olarak, donanmanın teknik alandaki yetersizliklerini gidermek üzere Sultan III. Mustafa tarafından 1773 yılında kurulan, ülkenin ilk ciddi teknik eğitim kurumu Mühendishâne-i Bahrî-i Hümâyûn’a dayanır.
Sivil mühendis ve mimarların yetiştirilmesi amacıyla Halıcıoğlu’ndaki Mühendishane binalarının bir bölümünde 1883 yılında Hendese-i Mülkiye Mektebi açıldı. Mektebin 1928’de Yüksek Mühendis Mektebi ismini almasını takiben 1941’de Milli Eğitim Bakanlığına bağlandı ve adı İstanbul Yüksek Mühendis Okulu (İYMO) oldu. Gemi inşaatı işlerinin teknik düzeninin ilerletilmesi amacıyla İYMO Deniz İnşaatı Mühendisliği kolu 1943 yılında kuruldu. 1944 yılında kabul edilen 4619 sayılı kanunla İYMO dört fakülteden oluşan İstanbul Teknik Üniversitesine dönüştürüldüğünde, Makine şubesi de, Genel Makine, Uçak İnşaatı ve Gemi İnşaatı şubelerinden oluşan Makine fakültesi haline geldi.
Gemi şubesinin zaman içinde gerek araştırma gerekse eğitim kapasitesi bakımından bir fakülte yeterliliğine ulaştığına düşünen şube akademik kadrosunun başvurusu neticesinde, bir Gemi İnşaatı Fakültesinin kurulması İTÜ senatosunun 13 Mart 1969 tarihli toplantısında uygun görüldü ve 18 Aralık 1969 tarihinde fakülte kuruluş işlemleri sonuçlandırıldı. Fakültenin ismi 1979 yılında Gemi İnşaatı ve Deniz Bilimleri Fakültesi olarak değiştirildi.